Theo truyền thống, Cơ Đốc giáo bắt đầu được truyền sang Ai Cập ngay từ thập niên 40 của thế kỷ thứ nhất bởi Thánh sử Máccô. Nhà sử học Helmut Koester cho rằng các tín hữu Ai Cập ban đầu chịu ảnh hưởng mạnh từ thuyết ngộ đạo cho tới khi Thượng phụ Demetrius I thành Alexandria dẫn dắt đa số tín hữu đi theo giáo lý chính thống.

Tôn giáo cổ đại của Ai Cập gây ra ít cản trở cách đáng ngạc nhiên đối với sự truyền bá Cơ Đốc giáo. Có lẽ lịch sử lâu dài của tôn giáo cũ trong việc cộng tác với những người cai trị La Mã và Hy Lạp đã khiến các lãnh đạo tôn giáo này mất thẩm quyền. Bên cạnh đó, tôn giáo bản địa có thể đã bắt đầu mất sức hút giữa các tầng lớp thấp hơn khi gánh nặng sưu thuế và các buổi tế lễ do hoàng đế yêu cầu đã làm giảm sút chất lượng cuộc sống. Trong khi đó, với việc quan tâm tới sự khó nghèo và khiêm nhượng, Cơ Đốc giáo đã nhận ra cảm thức thiếu vắng trong dân chúng Ai Cập. Đến khoảng năm 200 thì Cơ Đốc giáo trở thành tôn giáo chính trên đất Ai Cập; thành phố Alexandria là một trong những trung tâm lớn của Cơ Đốc giáo và là nơi có Trường Giáo lý đầu tiên. Truyền thống đan tu cũng được khai sinh từ các sa mạc của Ai Cập.

Trong gần ba trăm năm, những người Cơ Đốc giáo nhiều lúc phải hành đạo một cách lén lút dưới sự cấm đoán của chính quyền La Mã. Một số hoàng đế như Nero ra lệnh bách hại giáo dân trong khắp đế quốc. Nhưng đợt Bách hại Lớn bắt đầu năm 303 dưới thời hoàng đế Diocletianus có lẽ là tàn khốc nhất. Ngày nay Giáo hội Copt ở Ai Cập còn lưu truyền nhiều câu chuyện tử đạo của đợt bách hại này.

Năm 313, Constantinus Đại đế, lúc ấy còn chưa thống nhất được đế quốc, đã hòa với kình địch của ông là Licinius để bãi bỏ sắc lệnh cấm đạo của Diocletianus và cho phép Cơ Đốc giáo được tồn tại hợp pháp trong lãnh thổ của ông.

Một xung đột lớn xảy ra khi Arius, một giáo sĩ tại Alexandria, giảng rằng Giê-su chỉ là một tạo vật của Thiên Chúa và không đồng bản thể (consubstantial) với Chúa Cha. Rất đông giáo sĩ và giáo dân trong đế quốc nghe theo thuyết của ông. Sợ có chia rẽ lớn trong giáo hội, Constantinus Đại đế mời các giám mục trong đế quốc dự Công đồng Nicaea, diễn ra năm 325. Số đông biểu quyết chống, Arius bị đày đi Illyria và sau đó ông sửa đổi thuyết của ông khác đi một chút. Thuyết của ông bị loại bỏ trong khắp đế quốc. Cơ Đốc giáo thoát được một cuộc chia rẽ lớn, mặc dù sau đó có hai hoàng đế La Mã là Constantinus II và Valens tin theo giáo thuyết Arian của ông.

Từ năm 331 đến năm 334, Constantinus Đại đế ra lệnh đóng cửa tất cả các đền thờ không thuộc tín ngưỡng Cơ Đốc giáo. Tình thế đảo ngược trong một thời gian ngắn: đời hoàng đế Julianus, hỗn danh Kẻ bội giáo (361-363), Cơ Đốc giáo lại bị cấm và giáo dân lại bị bách hại. Cuối cùng, vào năm 380 với Chiếu chỉ Thessalonica, Cơ Đốc giáo được hoàng đế Theodosius tuyên bố là quốc giáo. Cũng trong chiếu chỉ này, các tôn giáo khác bị coi là tà giáo và bị cấm. Có lẽ ít lâu sau thời điểm này, tín ngưỡng thờ các thần linh Ai Cập bị mất hẳn.

Giáo hội Copt

Năm 451, hoàng đế Marcianus chủ trì Công đồng Chalcedon, quy tụ hơn 500 vị giám mục. Công đồng này đưa đến phân ly giữa các Giáo hội Chính thống giáo Cựu Đông phương với các Giáo hội Chính thống giáo Hy Lạp (tại Đông Âu và Cận Đông) và Công giáo Rôma (tại Tây Âu). Giáo hội Chính thống giáo Copt trở nên độc lập, nằm trong khối hiệp thông Chính thống giáo Cựu Đông phương cùng với các giáo hội khác tại Armenia, Syria và Ethiopia.

Các tín hữu theo hệ phái Copt không cầu xin ở các vị thánh điều gì, ngoại trừ việc chuyển cầu, nghĩa là làm trung gian cho lời cầu nguyện của họ. Các ngày lễ trọng trong năm là Truyền tin, Giáng sinh, Hiển linh, Thương khó, Phục sinh, Thăng thiên và Ngũ tuần. Mỗi năm họ ăn chay từ lúc mặt trời mọc đến lúc mặt trời lặn trong 210 ngày. Họ cầu nguyện cho sự thống nhất của tất cả các giáo hội Cơ Đốc giáo. Họ cầu nguyện cho sông Nil, cho đất nước Ai Cập, cho hòa bình trên thế giới và cho sự an vui của nhân loại. (Trích www.coptic.net)